用mega4做进化树的步骤(图示)
杨丹 10生科c班104120165
序列的选择,保存在上面几次已经详细写了,后面就直接从序列的修饰开始进行。
选择的部分序列为:
为了使修改时更加的简洁,明了可将序列的名字修改简单。
将clustal打开,并将所需的序列导入。
并进行序列比对,并根据比对结果对txt中的序列进行修饰。
序列比对图。
修饰后**(以比对后的结果为标准,均以最短的一条序列为基础,分别将其他序列剪短)
修饰后图。会有两个格式的文件。aln、.dnd保存,打开mega4
修改格式:mega4只能打开meg格式的文件,但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来,我们在这里用aln格式转换meg文件。点file:
convert to mega format...打开转换文件对话框。
删除多余的#、*。将转换好的文件,保存于meg文件。
将该窗口关闭,并转回第一窗口操作。
点击file中的open data 将刚才转化的文件输入。
之后点击ok,接着点击yes再点击ok,即可得到**。
之后,便可以构建系统树了。及点击phylogeny中的construct phylogeny即可构建系统树。
此为无根树,并可以根据工具中的来构建有根树。
如以吗rna1为根可得。
点击,便可以得到给出了相对遗传距离的进化树。
而工具中的则可以调节树枝的相对位置。
从中我们可以看出这些序列之间的同源性等的一些关系。
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