生物信息作业

发布 2022-08-21 17:02:28 阅读 4695

用mega4做进化树的步骤(图示)

杨丹 10生科c班104120165

序列的选择,保存在上面几次已经详细写了,后面就直接从序列的修饰开始进行。

选择的部分序列为:

为了使修改时更加的简洁,明了可将序列的名字修改简单。

将clustal打开,并将所需的序列导入。

并进行序列比对,并根据比对结果对txt中的序列进行修饰。

序列比对图。

修饰后**(以比对后的结果为标准,均以最短的一条序列为基础,分别将其他序列剪短)

修饰后图。会有两个格式的文件。aln、.dnd保存,打开mega4

修改格式:mega4只能打开meg格式的文件,但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来,我们在这里用aln格式转换meg文件。点file:

convert to mega format...打开转换文件对话框。

删除多余的#、*。将转换好的文件,保存于meg文件。

将该窗口关闭,并转回第一窗口操作。

点击file中的open data 将刚才转化的文件输入。

之后点击ok,接着点击yes再点击ok,即可得到**。

之后,便可以构建系统树了。及点击phylogeny中的construct phylogeny即可构建系统树。

此为无根树,并可以根据工具中的来构建有根树。

如以吗rna1为根可得。

点击,便可以得到给出了相对遗传距离的进化树。

而工具中的则可以调节树枝的相对位置。

从中我们可以看出这些序列之间的同源性等的一些关系。

生物信息上机作业

生物信息学上机作业。上机一生物信息数据库信息检索。上机内容 1 了解ncbi ddbj embl上网的方法自学各 相关介绍。2 了解北大生物信息学中心等几大中文生物信息学 3 了解一些生物论坛中有关生物信息学的部分。如 biooo和bioon。4 利用ncbi的entrenz查询系统和ebi的srs...

生物信息上机作业

生物信息学上机作业。一生物信息数据库信息检索。上机内容 1 了解ncbi ddbj embl上网的方法自学各 相关介绍。ncbi 是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。ddbj 日本dna数据库,ddbj dna data bank of jap...

生物工程信息检索期末作业

文献检索期末作业。一 首先大体介绍一下我的课题 我的课题 杂色云芝菌产漆酶的发酵优化。我的课题研究背景 漆酶 laccases 是一种含铜的多酚氧化酶,与植物抗坏血酸氧化酶 哺乳动物血浆铜蓝蛋白和胆红素氧化酶等同属蓝色多铜氧化酶家族。按漆酶 可分为漆树漆酶和真菌漆酶两大类。漆酶在真菌 植物 原核生物...