生物信息上机作业

生物信息学上机作业。

上机一生物信息数据库信息检索。

上机内容：1、 了解ncbi、ddbj、embl上网的方法自学各**相关介绍。

2、 了解北大生物信息学中心等几大中文生物信息学**。

3、 了解一些生物论坛中有关生物信息学的部分。如：biooo和bioon。

4、 利用ncbi的entrenz查询系统和ebi的srs检索文献和核酸或蛋白质序列。（phya）并对照所学复习各字段的含义。

5、 将所得记录的id或accession记录下来备用。

作业：1、 记录相关**及论坛**（或如何查询到该**的方法）。

1）ncbi ：

2）ddbj ：

3）embl ：

4）北大生物信息学中心

5）中科院计算所智能信息处理重点上机室生物信息学：

6）北大生物信息中心：

7）生物谷生物信息学：

8）中国生物论坛：

9）中国生物谷论坛：

10）生物谷：

2、 找到编码拟南芥（arabidopsis）phya（光敏色素a）基因的核酸序列编号。并记录查找过程。

上机二核酸及蛋白质序列的比对。

一、 上机内容。

利用检索出的蛋白质和核酸序列进行序列比对并进行分子进化树分析。

二、 作业。

1、 绘制分子进化树，并标明各个物种phya蛋白之间的序列相似性。

2、 根据你所学生物分类的知识，试解释该分子进化树的合理性。

3、 找出一条可能的保守序列（多条蛋白共同的氨基酸序列）。

上机三核酸序列分析（一）

一、上机内容。

1、 使用dnastar进行核酸基本信息分析。

2、orf分析。

二、作业。1、记录拟南芥phya nm_100828序列的序列组成。

2、记录拟南芥phya nm_100828序列最长的orf的起止区间。

上机四核酸序列分析（二）

一、 上机内容。

1、pcr引物设计。

2、核酸序列的电子基因定位。

二、 作业。

1、记录拟南芥phya nm_100828序列最长的orf的起止区间。

2、记录得分最高的一对引物的碱基组成。

3、通过核酸序列的电子基因定位，phya基因位于拟南芥的那条染色体上？

上机五未知蛋白质序列的功能**。

一、 上机内容。

已知一段蛋白质序列，请对其功能进行**：

1、 检查其基本属性及跨膜螺旋。

2、 利用blastp程序检索高同源序列。并比较结果。

二、 作业。

1、 该蛋白有无跨膜螺旋？

2、 根据你的检索结果该蛋白的可能功能是什么？

生物信息上机作业

生物信息学上机作业。一生物信息数据库信息检索。上机内容 1 了解ncbi ddbj embl上网的方法自学各 相关介绍。ncbi 是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。ddbj 日本dna数据库，ddbj dna data bank of jap...

信息检索上机作业

1 举例说明搜索引擎中filetype site 双引号这三个高级检索语法的功能。1.答 filetype 用于专业文档搜索。在搜索引擎的搜索框里输入想要寻找的主题加上filetype doc xls ppt pdf rtf all 格式就可以在搜索引擎中搜索到需要到的 doc xls ppt pd...

信息检索上机作业

一 filetype语法的功能 作用 限制文件搜索的类型。当搜索文件过多时，该语法直接搜索到 的数据库文件，与其他语法配合使用更能显示其强大作用。例如 查找 关于经济学方面的 可直接输入 经济学 filetype doc 点击标题，可直接阅读或 site的语法功能 作用 1，找出网页不收录的原因。2...