生物信息学上机作业。
一生物信息数据库信息检索。
上机内容：1、了解ncbi、ddbj、embl上网的方法自学各**相关介绍。
ncbi(是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。
ddbj（日本dna数据库，ddbj(dna data bank of japan)，于2024年建立，是世界三大dna 数据库之一，与ncbi的genbank，ebi的embl数据库共同组成国际dna数据库。
embl（欧洲分子生物学实验室embl（the european molecular biology laboratory），于2024年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立，包括一个位于德国heidelberg的核心实验室，及三个位于德国hamburg，法国grenoble及英国hinxton的研究分部。
2、了解北大生物信息学中心等几大中文生物信息学**。
北京大学生物信息中心。
复旦大学理论生物中心：
天津大学生物信息中心：
上海生物信息技术研究中心：
3、了解一些生物论坛中有关生物信息学的部分。如：生物秀、生物谷生物信息学。
生物秀。生物谷。
4、利用ncbi的entrenz查询系统索文献和核酸或蛋白质序列。
phya）并对照所学复习各字段的含义。
genbank: dy649091.1
genbank fasta
identifiers
dbest id: 37221463
est name: pu4_plate12_d18
genbank acc: dy649091
genbank gi: 89493297
clone info
sourceherman silva (
insert length: 631
dna type: cdna
primers
pcr forward: gtaaaacgacggccagtaga
pcr backward: taggaaacagctatgaccat
sequencing: m13fwd = gtaaaacgacggccagt
polya tail: unknown
sequence
ctgagtaccatatggattccacaggtttgag
entry created: mar 13 2006
last updated: mar 13 2006
comments
consortium: chilean functional genomics in prunus persica.
the members of this consortium are university of chile,instituto de investigaciones agropecuarias (inia),asociacion de exportadores (asoex), fundacion para el
desarrollo fruticola (fdf) and fundac on chile. this
consortium was formed as part of the chilean genome
initiative and supported by fdi-corfo (fdi g02 p1001)
putative id assigned by submitter
identical to photoreceptor phya (phya) gene [prunus persica]
library
lib name: libest_019257 pu4
organism: prunus persica
cultivar: o`henry
organfruit
tissue type: mesocarp
lab host: dh10b
vectorpdnr-1r
r. site 1: xhoi
r. site 2: smai
submitter
nameherman silva
labcenter of plant biotechnology
institution: andres bello university
address: **. republica 217, 837-0146 santiago, chile
tel56-2-6618648
fax56-2-6615832
citations
titleests sequences isolated from peaches
authors: silva,h., loira,n.
, vizoso,p., latorre,m., baeza-yates,r.
,cambiazo,v., campos-vargas,r., gonzalez,m.
, orellana,a.,retamales,j., meisel,l.
year2005
statusunpublished
5、中科院计算所智能信息处理重点上机室生物信息学：
6、找到编码人（zwinti）基因的核酸序列编号。
nm_001005413
二核酸及蛋白质序列的比对。
一、上机内容。
利用检索出的蛋白质和核酸序列进行序列比对并进行分子进化树分析。
二、作业。1、绘制分子进化树，并标明各个物种phya蛋白之间的序列相似性。
2、根据你所学生物分类的知识，试解释该分子进化树的合理性。
拟南芥：植物界种子植物门被子植物门双子叶植物纲十字花目十字花科鼠耳芥属（拟南芥属）
大豆：植物界种子植物门被子植物亚门双子叶植物纲豆目蝶形花科大豆属
血红肉果兰：植物界种子植物门被子植物亚门百合纲百合目兰科树兰亚科肉果兰属。
水稻：植物界种子植物门被子植物亚门单子叶植物纲禾本目禾本科稻属
玉米：植物界种子植物门被子植物亚门单子叶植物纲禾本目禾本科玉米属。
高粱：植物界种子植物门被子植物亚门单子叶植物纲禾本目禾本科高粱属。
经过对比可得下列同源性关系。
高粱。玉米。
水稻。拟南芥。
大豆。血红肉果兰。
与前面的同源树对比基本相似，说明软件分析结果与实际相符。
3、找出一条可能的保守序列（多条蛋白共同的氨基酸序列）。
最长的保守序列： kliqpfgcllaldek
三核酸序列分析。
一、上机内容。
1、 使用dnastar进行核酸基本信息分析。
2、orf分析。
二、作业。1、记录人（zwinti）基因序列的序列组成。
2、记录人（zwinti）基因序列最长的orf的起止区间。
生物信息上机作业
生物信息学上机作业。上机一生物信息数据库信息检索。上机内容 1 了解ncbi ddbj embl上网的方法自学各 相关介绍。2 了解北大生物信息学中心等几大中文生物信息学 3 了解一些生物论坛中有关生物信息学的部分。如 biooo和bioon。4 利用ncbi的entrenz查询系统和ebi的srs...
信息检索上机作业
1 举例说明搜索引擎中filetype site 双引号这三个高级检索语法的功能。1.答 filetype 用于专业文档搜索。在搜索引擎的搜索框里输入想要寻找的主题加上filetype doc xls ppt pdf rtf all 格式就可以在搜索引擎中搜索到需要到的 doc xls ppt pd...
信息检索上机作业
一 filetype语法的功能 作用 限制文件搜索的类型。当搜索文件过多时，该语法直接搜索到 的数据库文件，与其他语法配合使用更能显示其强大作用。例如 查找 关于经济学方面的 可直接输入 经济学 filetype doc 点击标题，可直接阅读或 site的语法功能 作用 1，找出网页不收录的原因。2...