perl期末考试大作业

perl程序设计课程考核。

院系部门：生物信息学院。

学生专业：生物信息专业

学生学号： 2009212256

学生姓名：彭莉

2023年6月。

perl程序设计课程考试大作业。

设置目的】1、贯彻实施高等教育的质量工程，深化教学改革，对本课程考试实施改革，以课程大作业形式取代原有的卷面考试；

2、运用本课程所学知识，掌握perl和bioperl程序开发环境的搭建、配置和测试；

3、熟悉和巩固运用perl编程实现生物信息学中生物信息的分析处理等实践技能；

考评方法】满分100分：（大作业：70分；随机提问回答情况：30分）；

合格控制线：（大作业：>40分；随机提问回答情况：>20分）,任意一部分不合格则为不合格。

第一题：请问bioperl怎样安装和配置，请结合文字图表概述bioperl的安装、配置与测试，并简述该过程**现问题解决经历（10分）。

一、求解过程。

1）、安装最新版本的后启动ppm，见图1-1；

图1-1：启动ppm安装软件。

图1-2：per ppm软件包管理界面。

2）、打开后，选择edit >>preferences。添加fig1.3图的站点，添加bribes的例子见图1-4；

图1-3：模块相应的站点。

图1-4：添加bribes模块的站点地址。

3）、选择view >>all packages，在搜索框输入bioperl进行搜索，结果见图1-5；这个结果个人觉得有些奇怪，因为搜索结果里面有些包是一样的，我觉得会不会是在不同的站点里存在了同样的包，然后就出现了一些相同的包。

图1-5：搜索bioperl软件包的结果。

4）、安装相应的包，首先安装bioperl包，选中bioperl，右键选择安装，然后按图1-5中右上角的右箭头开始进行**并安装，其实可以一次性选择所有想安装的模块，然后再一起进行**安装；不过为了让电脑更好的运行，就分开一个一个进行安装，bioperl安装情况见图1-6，bioperl-db安装情况见图1-7，bioperl-network安装情况见图1-8，图1-9，bioperl-run和bundle-bioperl情况见图1-10，bioperl-bioperl-core安装情况见fig1.11，bio-mgen和bundle-bioperl-xml******1.0见图；

图1-6：安装bioperl完成。

图1-7：安装完成bioperl-db

图1-8：正在**安装bioperl-network

图1-9：安装完成bioperl-network

图1-10：同时安装bioperl-run和bundle-bioperl完成。

图1-11：bioperl-bioperl-core安装完成。

图1-12：同时**安装bio-mgen和bundle-bioperl-xml******1.0，图1-13：完成所有的模块安装；

5）、检测安装情况由图1-13和图1-14，可知安装成功；

图1-14：安装bioperl所在的文件夹。

二、心得与体会。

第一次装得时候居然没有成功，结果原因是网速不够，再试了一次终于成功了。

第二题：结合图形和程序回答下面问题。

2.1、编程实现一个dna序列文件的酶切位点的分析（包括酶切位点统计、酶切位点的标记和计数，以及可视化输出等，不准用模式匹配知识）（10分）。

实现过程：#!/usr/bin/perl

print"输入一段序列：";

open(file,"d:\\perl\\"

a=;string=join(""a);

print"$string", n";

print "我们将标记每一个酶切位点at：";

print" $string", n";

foundat = 0;

offset = 0;

label = 1;

positions;

while ( foundat = index( $string, 'at', offset ) 1 )

= label++;

offset = foundat + 1;

foreach ( 0 ..length( $string ) 1 )

print "";

foreach ( 0 ..length( $string ) 1 )

测试的结果见图2-1；

图2-1 心得体会：

刚开始题目都没读懂，老师给了个模板，说是上一届做的，结果看都看不懂**，后来经过老师讲解了之后，慢慢开始理解那个学长（或是学姐）的**是怎么回事了，但是还是不知道怎么用。因为老师足够的狡猾，把**删的就剩下几行，还是完全不懂得。在同学的讲了又看看了又讲的情况下，终于把它写出来了，但是，结果还是不知道怎么来的。

浑浑噩噩的就弄出来了。写出来了，运行出来了还是有很多问题。不知道为什么只能运行一行**，两行怎么都运行不了。

不知道怎么回事？

2.2、对1中编写的程序采用子程序进行优化，并阐述子程序输入输出和内部算法实现的理由和心得（10分）。

一、解题思想。

本做法主要是对于题2.1中运用子程序进行优化……，并且采用子程序的实现也有利于提高**的可读性。

2、实现过程：

核心**：while ( foundat = index( $string,$tags,$offset ) 1 )

= label++;

offset = foundat + 1;

print" "

foreach ( 0 ..length( $string ) 1 )

print "";print" "

foreach ( 0 ..length( $string ) 1 )

程序**：#!/usr/bin/perl

print"上传序列文件到d:盘中的perl下面，输入序列的文件名：";

b=;open(file,"d:\\perl\\$b");

while()

print"$string", n";

print "输入你想查找的酶切位点：";

chomp($tags=);

print "我们将标记每一个酶切位点$tags:";

print" $string","n";

meiqie_site($string,$tags);

sub meiqie_site

my($strings,$tags)=@

my $foundat = 1;

my $offset = 0;

my $label = 1;

while ( foundat = index( $string,$tags,$offset ) 1 )

= label++;

offset = foundat + 1;

print" "

foreach ( 0 ..length( $string ) 1 )

print "";print" "

foreach ( 0 ..length( $string ) 1 )

测试结果输出见图2-2：

图2-2：子程序优化2-1题测试输出。

心得体会：当然第一题如果做出来了的话，这道题就简单多了，只需要加一个子程序，通过对子程序的调用，将需要的参数传进去就好了，其他的什么也不用做。但是在做这道题的时候还是改了很久。

因为做第一题的很多地方都不是很人性化，所以就加了一些个人的元素进去，能够自动的上传文档，然后就可以对任意序列进行分析。

2.3、进一步完善上面的程序，编写的系列酶切酶管理程序，实现酶切酶信息的添加、删除和修改，并简述理由和心得（20分）。

一、解题思想。

本题中的要求实现添加、删显示功能，该子程序通过两层的循环实现二维数组的输出。count功能，该子程序使用index函数和while循环来实现位点信的不断循环运行，并提示用户可以通过相应的操作来退出程序。

2、实现过程：

核心**：if($c==1)

print"输入你想增加的酶切位点名字：";

chomp($d=);

print"输入对应的酶切位点的序列：";

chomp($e=);

print"加入的酶切位点为：";

$name=$e;

while(($f,$num)=each (%name))

$m=&meiqie_site($string,$num);

printf(" f $num ");

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