提升工程设计企业的运行效率是提高其核心竞争力的重要手段之一。而整体效率的提升有两个主要途径：设计人员个人效率的提升和设计院组织效率的提升。
1. 设计人员个人效率提升。
由于设计院中设计人员是占比例最大的知识型员工，因此这类员工的工作成果将对设计院的整体效率直接产生巨大的影响。设计人员通常有三种工作状态，对于有力无心的设计人员，需要采取短期的激励机制以促进其提升动力。然而员工的能力是有一定的局限性的，当员工的潜力完全被激发出来之后，激励机制对于员工绩效的提升促进力就不再显著，此时员工处于有心无力状态，需要对其进行能力上的培养。
通过对其动力激励机制和能力培养机制，最终设计人员达到第三种状态，即有心有力，心力合一的状态，从而发挥出其最大的效率。
对于我们新创设计院，针对新进员工且年轻员工较多的状况，人力资源部门和各生产科室应该协同设计一些基础技能的课程，安排在各个相关技能上比较优秀的设计人员进行入门辅导，避免由于单一师徒制导致的局限性，同时在一定的期限内对基础技能进行考核，作为试用合格与否的依据，从而确保新进设计人员在试用期合格后具备基本的工作技能。
2.设计院组织效率提升。
设计人员个人效率的提升固然对设计院的发展具有非常重要的影响，但这些影响都是散布在各个点上的力量，这些力量会对企业带来一定的推动作用，但同时由于这些力量在运动过程中的不同步或不协调，也可能导致这些力量之间产生相互的抵消。因此，设计院效率提升要解决的一个更加重要的问题是如何把这些点上的力量互相协同，凝聚成一股合力，实现组织效率的提升。
2.1优化设计流程。
流程是确保多个员工按照既定的要求，在每个环节上发挥各自的作用，并协同工作，最终实现整个企业有效运营的一个有力工具。尽管设计院行业中具有比较规范的设计手册和设计流程，但在实际操作过程中仍然普遍地存在协同效率工作低下的问题，流程优化的空间是相当大的。这种流程优化分为两个方面的内容：
专业内部的流程优化和跨专业之间的流程优化。在各专业内部，随着设计院经营规模的扩大，必须加强对专业化分工的关注，进行小范围的流程再造。按照设计工作的特点，将整个设计工作切分成若干个小模块，通过在各模块之间人员的合理配置，实现专业设计工作效率的提升。
而且这种方式对于设计人员整体能力的要求会降低，设计人员仅需要熟悉一个范围较小的工作模块，使年轻设计人员更加容易具备合格的设计能力，而仅在关键的环节上设置比较有实力的设计人员，又降低了资深设计人员的工作量，提高了使用价值。
在跨专业领域中，主要的问题在于专业之间的信息资料共享和阶段性设计成果的流转效率较低，实际工作中经常出现前序专业的设计已经发生变化，后序专业还不知道，仍在原来的图纸上进行设计等一系列不愿看到的典型现象。因此，在日常工作中，需要建立信息共享的平台，使所有设计人员能够在统一的平台上顺畅地交流信息。
在设计成果地流转问题上，首先需要总工办对整个的设计流程进行梳理，按照流程中各专业所需资料的顺序将设计成果进一步拆分成若干个子成果，在子成果完成时就流转到下一个环节，下一个环节就可以开始工作，这种成果的拆分流转能够使整个流程的时间跨度得到明显地降低，并且使各专业之间协同工作的效率最优化。
2.2强化组织结构。
从实际经验看，矩阵制的组织结构较为适合以项目制运作为特点的工程设计企业。项目负责人在项目实施中起主导作用，有利于最大程度地利用和整合资源，使人员实现在项目之间的合理调配，有利于提高流程运作效率和降低运作成本。
在矩阵制模式下，项目负责人和专业科室主任通过条块化的分工和配合共同对设计院的发展形成有力支撑，项目负责人作为项目运行的组织者和管理者，满足客户对所交付产品的日期和质量的要求，在经营项目的过程中控制造价、控制费用；而专业科室主任专注于培养设计人员，并校检设计人员所交付的图纸质量，同时，专业科室主任承担着加强设计院技术创新这项核心竞争力的重任，根据设计院整体技术发展战略，组织本专业的科技创新，组织在生产过程中的知识存留，从而帮助设计人员提高工作效率和提升技术能力。
另一方面，在矩阵制模式下，项目的整体运营效率能够得到更好地保障。处于矩阵横向的项目负责人通过对项目过程中各个环节的控制和协调来实现对项目运行整体效率的保证；矩阵纵向的支持部门（生产科室）对项目运作进行资源支持。通过矩阵中横向的整体管理，以及纵向的支持，从而实现项目的高效运行。
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