两人游戏时，则分占棋盘的上下两角，相互作战。
“军旗”，则是双方争夺的对象，一旦“军旗”被对方吃掉，则本方**，这盘棋就算输了。如果有一方被逼得无棋可走，系统也将自动判定该方输棋。
布子规则。在作战开始前，棋盘上只有用户一方的棋子，这是提供用户的一个默认阵型，此时用户可以直接用鼠标单击需要交换位置的棋子，直到阵型令用户满意，就可以按下"保存布阵图"按钮把当前布好的阵型存盘，下次使用时可以按下"装入布阵图"按钮直接调入了。
排兵布阵结束，按下“出征”按钮，用户的大军就推进到了对方的棋盘上，等对方也按下“出征”按钮后，战争就开始了。
布阵时注意：炸弹不能放在第一排；地雷只能放在最后两排；军旗只能放在大本营；行营里不能放子。
走子规则。军棋地图上有两种道路：公路（赭黄色）、铁路（黑白相间）。
在公路上，棋子每次只能走一步；在铁路上，只要路途没有棋子阻隔，步数就不受限制。但遇到铁路直角拐弯时，除了“工兵”允许通过外，其他棋子是不能通过的。另外，大本营中的棋子以及“地雷”，不能移动。
吃子规则。军棋棋子的大小顺序是：司令、军、师、旅、团、营、连、排、兵，小棋遇大棋被吃，相同棋子相遇，则同归于尽；兵能吃地雷；炸弹可于敌子同归于尽。
除工兵和炸弹外，其他棋子遇地雷皆败。
只有两个人对战，一般玩明棋。 即把所有的棋子都随机的倒扣着摆在期盘上，双方轮番掀开一个棋子，第一人掀开的第一个子的颜色即他的选择，在所有棋子未掀开之前，轮到你走，你可以走一步棋或掀开任意一个子。所有掀开的子就明摆在棋盘上，双方进行厮杀，仍然是先扛军旗的一方赢。
此种玩法有很大的运气性，但仍需要很高的策略和战术细想才能顺利赢得胜利，趣味性也很强。 如果有第三个人可以当裁判，则可以玩暗棋。即各自把自己的棋子在己方棋盘上布好阵势，竖着摆在棋盘上，背面朝向对手（即只有自己可以看到自己是什么子，看不到对方的子），还是双方轮流走棋，两子交锋，由裁判看双方所对的子，生者放回交锋的棋点，败者倒扣于棋盘之外，所以每当交手，双方可以知道自己是什么子，但不知道对手是什么，只能依靠交锋的结果和对手棋子的运动特点进行判断（如工兵每一步可以在连通的铁道上随意走单向的长度，重要棋子如司令军长炸弹经常在交战后进入行营等）。
对于你的问题我没有看明白，怎么会同时出现双方都扛军旗，通常一方只要到达对方军旗的地方（即扛到）就算胜利，不需要把对方军旗扛回自己的大本营。军棋游戏的最终目的是通过军事部署，在作战中把对方的“军旗”吃掉。
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